Sur les 10 membres d'origine, quatre sont morts au combat : Deidara, Sasori (remplacé par Tobi), Kakuzu et Itachi. Hidan quant à lui n'est plus en état de combattre, disloqué et enterré. Pain s'est sacrifié pour rescuciter les habitants de Konoha qu'il a tué et transmet ses espoirs à Naruto ; Konan, quant à elle,retourne à Ame pour remplacer Pain en tant que leader et quitte l'Akatsuki, qui ne compte donc plus que 3 membres : Kisame Hoshigaki, Zetsu, et Tobi alias Madara Uchiwa, cerveau et leader secret de l'organisation. Orochimaru qui faisait partie de l'organisation l'ayant quitté à cause de Itachi Uchiwa, ne saurait compter comme perte.
Facilement reconnaissables, les membres de l'Akatsuki se déplacent en binôme et portent un long manteau noir orné de nuages rouges cerclés de blanc. Ils possèdent aussi une bague portant chacune un kanji différent et portée chacune à un doigt différent.
Il semble que dans chaque binôme existe un rapport hiérarchique (Itachi est en quelque sorte le chef de Kisame, Sasori celui de Deidara, Kakuzu celui de Hidan, ; Zetsu est seul jusqu'ici, mais possède une double personnalité). Le rapport hiérarchique semble être ordonné en fonction de l'ancienneté. Orochimaru, qui était le partenaire de Sasori, a quitté l'organisation, ne supportant pas d'être dépassé en puissance par Itachi. Il a tenté de prendre possession de son corps, pour s'emparer du Sharingan, mais a échoué.
